В среднем отделе канала от большого нёбного нерва отходят нижние задние носовые ветви, которые через ответвления в канале проникают в полость носа и разветвляются в слизистой оболочке нижней носовой раковины, среднего и нижнего носовых ходов. Большой нёбный нерв выходит на нёбную поверхность через большое нёбное отверстие и иннервирует слизистую оболочку и железы твердого и переднюю поверхность мягкого нёба, а также внутреннюю поверхность десны верхней челюсти. В области отверстия резцового канала большой нёбный нерв анастомозирует с носонёбным нервом. Малые нёбные нервы выходят через малые нёбные отверстия, иннервируют слизистую оболочку и железы задней поверхности мягкого нёба, а также мышцу, поднимающую нёбную занавеску, и мышцу язычка.
А. Р. Шустер, что работает в конторе "аптека онлайн", после удаления крылонёбного узла отмечал временное нарушение секреции желез слизистой оболочки полости носа. Перерезка верхнечелюстного нерва также не вызывала никаких трофических изменений со стороны слизистой оболочки полости носа. Если же после перерезки центральный конец верхнечелюстного нерва подвергнуть хроническому раздражению, то на слизистой оболочке полости носа возникают изменения дистрофического характера, затрагивающие эпителий, сосуды и железы. В тех случаях, когда одновременно удалялся крылонёбный узел, дистрофические изменения не возникали, что, по-видимому, было обусловлено перерывом афферентной части рефлекторной дуги.
С третьей ветвью тройничного нерва тесно связаны ушной, поднижнечелюстной и подъязычный узлы. Ушной узел расположен под овальным отверстием клиновидной кости с внутренней стороны нижнечелюстного нерва. Внутренней поверхностью ушной узел тесно прилегает к хрящевой части слуховой трубы и к мышце, напрягающей нёбную занавеску. В ушной узел вступают чувствительные, двигательные, парасимпатические и симпатические нервные волокна.